Źródła są naturalnymi wypływami wód podziemnych, które w okolicach Ojcowa układają się w trzech piętrach wodonośnych. Największą rolę w kształtowaniu stosunków hydrogeologicznych odgrywa piętro w wapieniach jurajskich, charakteryzujące się szerokim rozprzestrzenieniem i dużymi zaś obami wód. Piętro kredowe pojawia się jedynie w okolicach Skały i ma niewielkie znaczenie, a najmniejszą rolę odgrywa najwyższe piętro wodonośne- czwartorzędowe.

Osobne zagadnienie stanowi czystość wód powierzchniowych na terenie Parku. Potok Prądnik jest stale zanieczyszczany ściekami z mleczarni w Skale oraz lokalnymi źródłami zanieczyszczeń na całej swej długości, których liczba wzrasta. W Prądniku występują nawet pewne gatunki roślin charakterystyczne dla wód silnie zanieczyszczonych. Wody Sąspówki natomiast są czyste, Chociaż potencjalnym zagrożeniem jest dla nich wieś Sąspów położona w odcinku źródłowym tego potoku.


Jaskinie i schroniska skalne są charakterystyczną grupą form związanych z wapieniami i działalnością krasową wód podziemnych. Wyżyna Krakowsko-Częstochowska jest obszarem licznego ich występowania. Do tej pory zinwentaryzowano tu ok. 1000 jaskiń i schronisk (małych jaskiń), z czego na Ojcowski Park Narodowy przypada ponad 400. Rozwinęły się one głównie w skalistej odmianie wapienia jurajskiego.

Do najdłuższych jaskiń na terenie Parku należą: Łokietka (320 m), Ciemna (230 m), Zbójecka (189 m), Okopy Wielka Dolna (110 m), Sąspowska (100 m), Krakowska (96 m), Biała (84 m), Koziarnia (90 m). Natomiast najdłuższą jaskinią w pd. części Wyżyny jest Wierzchowska Górna (950 m), leżąca w sąsiedztwie OPN, w Dolinie Kluczwody. Najliczniejsze skupisko dużych jaskiń znajduje się w wąwozie Jamki; pozostałe, mniejsze jaskinie i schroniska leżą przeważnie na lewym zboczu Doliny Prądnika, od Grodziska po Prądnik Korzkiewski, a kilkanaście w Dolinie Sąspowskiej. Mają one na ogół przebieg poziomy i rozmieszczone są na różnych wysokościach nad dnem dolin. Niektóre wejścia do jaskiń są dobrze widoczne, jednak większość z nich jest trudna do odnalezienia w skałkach. Jaskinie Łokietka i Ciemna są udostępnione do zwiedzania.

Najbardziej charakterystycznymi ssakami Parku są nietoperze. Spośród 21 gatunków żyjących w Polsce, na terenie OPN i najbliższej okolicy stwierdzono 17. Dość często spotkać można w czasie hibernacji w jaskiniach podkowca małego i nocka dużego. Dawniej tworzyły one w okresie snu zimowego kolonie na ścianach jaskiń; dziś można już spotkać tylko pojedyncze okazy. Pozostałe gatunki takie jak np. gacek brunatny (wielkouch), mroczek późny i mopek są na ogół rzadkie. Stylizowaną sylwetkę nietoperza umieszczono w godle Parku.

Oprócz nietoperzy w Ojcowskim Parku Narodowym występują pospolite w kraju gatunki ssaków. Ssaki parzystokopytne reprezentują: sarna (ok. 150 okazów) i dzik, którego liczba wskutek migracji ciągle się waha i wynosi od kilku do ok. 20 osobników. Z gatunków drapieżnych najczęstszy jest lis (ok. 60 osobników), natomiast rzadziej spotyka się borsuka, kunę leśną, tchórza i gronostaja.
Na terenie Parku licznie występuje zając szarak, a z gryzoni wiewiórka, mysz leśna, popielica i nornica ruda. Nad wodami Prądnika i Sąspówki żyje piżmak- gatunek pochodzący z Ameryki Północnej, który sprowadzony w 1905 r. dla celów hodowlanych do Czech, w 1925 r. przedostał się do Polski. W 1985 r. do Ojcowskiego Parku Narodowego wprowadzono 3 pary bobrów, pochodzące w Pojezierza Suwalskiego, które dobrze przystosowały się do nietypowego dla nich środowiska- wartko płynących i płytków potoków, często o kamienistych brzegach utrudniających kopanie nor.

Ssaki:

• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 

Dotychczas w Ojcowskim Parku Narodowym stwierdzono około 120 gatunków ptaków, z czego 94 to ptaki lęgowe, spośród których połowa żyje przez cały rok w Ojcowie i okolicach. Większość ptaków zamieszkuje lasy. Z drapieżników dziennych występują tu jastrząb, krogulec i myszołów, a z nocnych puszczyk i sowa uszata. Z innych ptaków spotyka się tu bociana czarnego, dwa gatunki gołębi: grzywacza i turkawkę, 6 gatunków dzięciołów, z których najbardziej interesujące to dzięcioł czarny, zielony i zielonosiwy oraz liczne gatunki ptaków śpiewających- drozda, kosa, 6 gatunków sikor, ziębę, wilgę i rudzika oraz przylatujące tu na zimowiska kwiczoły, jemiołuszki i czeczotki. Rzadkie lecz charakterystyczne dla ojcowskich lasów ptaki reprezentuje mysikrólik, zniczek i 4 gatunki muchołówek.




Płazy reprezentują gatunki pospolite w całym kraju, a więc traszka zwyczajna i grzebieniasta, ropucha zwyczajna, kumak nizinny i in. Z gadów natomiast występują: zaskroniec zwyczajny, padalec zwyczajny, jaszczurki oraz żmije i gniewosze; te ostatnie są bardzo rzadkie i spotykane na nasłonecznionych skałkach. Wśród płazów i gadów brak jest natomiast gatunków górskich.

Płazy i gady:

• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 

Najliczniejszą grupą zwierząt w Parku i w jego otulinie są owady, reprezentowane przez ok. 5 tys. wykazanych dotąd gatunków. Większość z nich to formy o szerokim zasięgu występowania, lecz spotyka się tu również elementy górskie- relikty zimnego okresu tundrowego, jak też kserotermiczne- przybyłe tu w holoceńskim optimum klimatycznym. Owady bezskrzydłe reprezentują skoczogonki, pierwogonki i widłogonki.

Vallis pulcherima et plantis raris ditissima (przepiękna dolina słynąca z rzadkich roślin)- tak napisał o Dolinie Prądnika pierwszy badacz jej flory, Willibald Besser, profesor Liceum Krzemienieckiego. Do dziś stwierdzenie Bessera z 1809 r. zachowuje swą aktualność mimo dużych przeobrażeń szaty roślinnej dokonanych w ciągu ponad półtora wieku.

Jeśli weźmiemy pod uwagę urozmaiconą rzeźbę, różne ekspozycje terenu i dużą zmienność mikroklimatu- otrzymamy pełniejszy obraz bogactwa flory Ojcowskiego Parku Narodowego, na które składa się ok. 1000 gatunków roślin naczyniowych skupionych w ok. 30 zespołach roślinnych (trzecie miejsce w Polsce po Tatrach i Pieninach pod względem liczebności gatunków), ponad 230 gatunków mchów i wątrobowców, niespełna 1200 gatunków grzybów i blisko 200 gatunków porostów.


W szacie roślinnej okolic Ojcowa występuje wiele gatunków reliktowych, tzn. pozostałości z minionych epok. Brak jest natomiast endemitów, czyli gatunków rosnących na niewielkich, ograniczonych terenach.

Na bogatą florę Parku składają się głównie gatunki środkowoeuropejskie (najliczniejsze), północnoeuropejskie i azjatyckie. są to na ogół pospolite składniki flory Doliny Prądnika, tworzące runo lasów liściastych lub wchodzące w skład typowych zbiorowisk leśnych (m.in. buk, grab, Dąb szypułkowy). Wśród ok. 50 gatunków górskich występuje tu grab, jodła, tojad smukły i mołdawski, żywiec gruczołowaty i in. Do rzadkich roślin w tej grupie należy chaber miękkowłosy rosnący w Dolinie Zachwytu. W runie lasów jaworowych na pn.- wsch. stokach Chełmowej Góry i na skałkach Czyżówki rośnie cienioluby gatunek rzadkiej paproci- języcznik zwyczajny. W OPN występują również gatunki kserotermiczne (ok. 200), a wśród nich tzw. pontyjskie, występujące głównie na obszarach stepowych otaczających od pn. i zach. Morze Czarne. Typowymi przedstawicielami flory stepowej są : ostnica Jana, porastająca kępami skałkę Jonaszówka u wylotu Doliny Sąspowskiej i Górę Koronną naprzeciwko Krakowskiej Bramy oraz wisienka karłowata mające swoje naturalne stanowisko w Grodzisku. Wybitnie kserotermicznym gatunkiem jest również aster gawędka.

Flora:

• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 

Z okresu holoceńskiego ocieplenia klimatu (tzw. optimum) do dziś przetrwały: ułudka leśna w Dolinie Sąspowskiej (nad brzegami potoku w dolnym biegu) i obrazki plamiste pokrywające zbocza Góry Zamkowej.
Interesującą grupą organizmów są także grzyby. Na ogólną ich liczbę niespełna 1200 gatunków składa się ponad 700 grzybów wieloowocnikowych i z Górą 450 mikroskopowych. Wśród znanych dotychczas stwierdzono wiele nowych dla mykoflory Polski. Za dużą osobliwość należy uznać purchawicę olbrzymią, znalezioną tu trzykrotnie (1876, 1964 i 1991 r.), jeden z największych znanych grzybów na świecie. Oryginalną budową wyróżniają się gwiazdosz czteropromienny i soplówka jodłowa, a także sromotnik bezwstydny, który rozmnaża się wykorzystując zjawisko zoochorii (rozsiewanie roślin za pośrednictwem zwierząt). Grzyby jadalne nie należą na terenie Parku do rzadkości. W ostatnich latach dość często można spotkać tu borowika szlachetnego, natomiast owocniki mleczaja rydza są trudne do odnalezienia. Coraz rzadsze są maślaki i podgrzybki, a niektóre grzyby, takie jak np. smardz czy okazała żagwica listkowata zostały prawdopodobnie wyniszczone bezpowrotnie.