Na obszarze Sulejowskiego Parku Krajobrazowego ustanowiono pięć obszarów Natura 2000.

Dolina Czarnej (PLH260015) powierzchnia: 5780,6 ha

Obszar ostoi obejmuje naturalną dolinę meandrującej rzeki Czarnej Koneckiej (Malenieckiej) wraz ze starorzeczami. Jest to największy prawobrzeżny dopływ Pilicy. Rzeka na przeważającej długości zachowała naturalny charakter koryta i doliny. Niezbyt długie i nieliczne uregulowane odcinki, mają związek z historią tych terenów. Czarna zasilana jest głównie wodami opadowymi. Wypływa z dwóch obszarów źródliskowych. Jeden tworzą niewielkie źródła zasilane płytkimi podskórnymi wodami. Drugi stanowi kompleks śródleśnych torfowisk przejściowych. Źródła zlokalizowane są na obszarze lasów niekłańskich – dawniej części Puszczy Świętokrzyskiej. Pozostałością przemysłowego wykorzystania Czarnej są również zbiorniki retencyjne, które w liczbie 7 zlokalizowane są w jej górnym i środkowym biegu. W środkowej części doliny, w okolicach Rudy Malenieckiej, zlokalizowany jest duży kompleks stawów hodowlanych. Obszar charakteryzuje duża różnorodność siedlisk Natura 2000, jakie zachowały się w warunkach ekstensywnego użytkowania. Dolina Czarnej uzupełnia geograficzną lukę w rozmieszczeniu obszarów chroniących dobrze zachowane zbiorowiska z włosienicznikami kształtujące się w korycie rzeki. Występują tu 3 podtypy lasów łęgowych: łęgi i zarośla wierzbowe, łęgi olszowo-jesionowe oraz olszyny źródliskowe. Odcinek źródłowy posiada cechy wyżynne, a dolna część doliny ma charakter nizinny. Obszar ma również istotne znaczenie dla zachowania oraz uzupełnienia obszarów chroniących interesujące siedliska nieleśne o acydofilnym charakterze. W górnym odcinku znajduje się duża liczba dobrze zachowanych torfowisk przejściowych oraz łąk trzęślicowych, gdzie występuje wiele cennych i chronionych gatunków roślin naczyniowych. Rzeka Czarna jest w niewielkim stopniu przekształcona przez człowieka, dlatego stanowi doskonale zachowane siedlisko dla takich gatunków jak bóbr, wydra czy trzepla zielona zaś torfowiska i glinianki na terenie ostoi mają znaczenie dla utrzymania zasięgu zalotki większej na terenie województwa. W budynkach muzeum w Sielpi znajduje się największa znana w województwie kolonia rozrodcza nocka dużego. Istotna, w skali kraju, jest także populacja przeplatki aurinii, związanej z łąkami trzęślicowymi i wilgotnymi psiarami. Ponadto w granicach obszaru stwierdzono 10 gatunków bezkręgowców z Czerwonej Listy. Ostoja jest kluczowa dla zachowania w centralnej i południowej Polsce dwóch z tych gatunków – dostojki akwilonaris i modraszka bagniczka. Dolina Czarnej jest ważnym korytarzem ekologicznym. Łączy dolinę Pilicy z Puszczą Świętokrzyską (poprzez znajdującą się w sieci Natura 2000 Dolinę Krasnej), oraz lasami koneckimi i przysuskimi.

Dolina Środkowej Pilicy

Ostoja obejmuje odcinek Pilicy o długości 40 km od Przedborza na południu do Sulejowa na połnocy. O wyjątkowych walorach przyrodniczych obszaru świadczy naturalny charakter nieuregulowanej rzeki Pilicy i stosunkowo naturalna roślinność. Cechuje go także różnorodność siedlisk – brzegi rzeki porastają lasy łęgowe i zarośla wierzbowe, w zagłębieniach terenu występują płaty torfowisk, trzcinowisk i turzycowisk, a im dalej od koryta, tym większą część powierzchni pokrywają łąki kośne i pastwiska. W sumie siedliska priorytetowe zajmują ok. połowy obszaru, z czego aż 20% łęgi. Wiosną część obszaru doliny jest regularnie zalewana. W Dolinie Środkowej Pilicy stwierdzono występowanie licznych gatunków zwierząt cennych dla europejskiej przyrody. Szczególne znaczenie ma obecność 4 gatunki ryb (koza, minóg strumieniowy, minóg ukraiński i głowacz białopłetwy) oraz wydry, bobra i płazów. Ostoja jest również miejscem bytowania i żerowania 19 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej.

Lubiaszów w Puszczy Pilickiej

Obszar obejmuje rezerwat Jodły Lubiaszów, chroniący ekosystemy o naturalnych cechach, dawnej Puszczy Pilickiej. Powierzchnia obszaru w zdecydowanej części zajęta jest przez fitocenozy grądu subkontynentalnego Tilio-Carpinetum, w odmianie małopolskiej, z udziałem jodły pospolitej. Grądy reprezentują szerokie spektrum zróżnicowania ekologicznego: od higrofilnych grądów niskich do grądów wysokich z udziałem gatunków termofilnych. Cechą świadczącą o naturalnym charakterze ekosystemów jest ponadto duży udział martwego drewna na dnie lasu. Występują tu stare drzewostany jodły w wieku 150 lat o wysokości ponad 35 m, grupa modrzewia polskiego w wieku 140 lat o wysokości 40 m oraz 200-letnie dęby. W południowej części obiektu znajduje się dolina niewielkiego cieku, w której wykształcił się łęg jesionowo-olszowy Fraxino-Alnetum. W obszarze stwierdzono 3 typy siedlisk leśnych. Najważniejszymi wartościami przyrodniczymi są siedliska przyrodnicze o dużej reprezentatywności oraz duże powierzchnie fitocenoz, co daje możliwość niezakłóconego przebiegu procesów ekologicznych i zachowania gatunków typowych dla starych lasów. Obszar ma znaczenie w ochronie geograficznego zróżnicowania ekosystemów leśnych z jodłą pospolitą występującą na północnej granicy zasięgu w Europie. Naturalność ekosystemów potwierdza obecność licznych gatunków związanych z martwym drewnem. Stwierdzono występowanie 306 gatunków grzybów (największa liczba gatunków spośród rezerwatów Polski środkowej) oraz licznych bezkręgowców i ptaków typowych dla puszczańskich lasów.

Wielkopole – Jodły pod Czartorią

Obszar obejmuje rezerwat przyrody Wielkopole. Położony jest na wschodnim stoku piaskowcowego wzgórza . Wykształciły się tu płaty wyżynnego boru jodłowego, grądy niskie, nawiązujące do łęgów, gdzieniegdzie z udziałem olszy w drzewostanie oraz grąd subkontynentalny. Obszar chroni jedno z najdalej wysuniętych na północny-zachód naszego kraju stanowisk wyżynnego, jodłowego boru mieszanego. Obecny jest starodrzew jodłowy oraz liczne stanowiska górskich gatunków runa. Obficie występują paprocie, mszaki. Obecne są tu górskie gatunki chrząszczy (Clytus lama i Leptura maculata).

Niebieskie Źródła

Rezerwat przyrody na którym wyznaczono ostoję Natura 2000 został założony w celu ochrony bardzo rzadkich wywierzysk krasowych oraz ptaków wodnych. Ostoja położona jest na terenie Równiny Piotrkowskiej, na prawym brzegu Pilicy. Na terenie obszaru znajdują się dwa akweny źródłowe o głębokości do 4,5 m oraz liczne wyspy i rozlewiska. Wyjątkowo cenny dla Europy jest kompleks źródlisk wapiennych z charakterystyczną dla nich roślinnością. Woda bijąca ze źródeł przebija się przez warstwę piasku na dnie zbiornika, powodując pulsowanie dna. Ze źródeł wypływa zimna, czysta woda o charakterystycznej turkusowej barwie.

Temperatura wody w źródłach nie zmienia się i przez okrągły rok wynosi ok. 9 st. C. Dzięki temu zadomowiło się tu wiele ptaków, w tym cenne dla Europy zimorodek, podróżniczek i dzięcioł czarny. Obrzeża akwenów i rozlewiska porastają lasy łęgowe i olsy, które są siedliskiem priorytetowym w ochronie bioróżnorodności. Flora roślin naczyniowych liczy około 400 gatunków, wśród nich są gatunków chronione w Polsce, takie jak: storczyk – listera jajowata i bluszcz pospolity.


Na terenie Parku wykazano 35 gatunków roślin podlegających ścisłej ochronie (m.in. aster gawędka Aster amellus, bagno zwyczajne Ledum palustre, kukułka szerokolistna Dactylorhiza majalis – storczyk, nasięźrzał pospolity Ophioglossum vulgatum, paprotka zwyczajna Polypodium vulgare, pełnik europejski Trllius europaeus, rosiczka okrągłolistna Drosera rotundifolia) oraz 15 częściowo chronionych (m.in. kocanki piaskowe Helichrysum arenarium, pierwiosnek lekarski Primula Eris). Spośród zwierząt kręgowych podlegających ochronie ścisłej i częściowej stwierdzono 8 gatunków ryb (m.in. strzebla Phoxinus phoxinus, koza Cobitis teania, różanka Rhodus sericeus), 5 gatunków gadów (m.in. jaszczurka żyworodna Lacerta vivipara, Żmija Vipera berus), 13 – płazów (m.in. Traszka grzebieniasta Tristurus cristatus, Rzekotka Hyla arboreta), 134 – ptaków (m.in. Bocian czarny i biały Ciconia ciconia i Ciconia nigra, Kokoszka wodna Gallinula chloropus, Sowa uszata Asio otus, Zimorodek Alcedo atthis) oraz 30 gatunków ssaków (m.in. Nocek duży Myotis myotis, Mroczek późny Eptesicus serotinus, Orzesznica Muscardinus avellanarius, Bóbr europejski Castor fiber)